Da Panama partono voli per tutti i paesi del Centroamerica, oltre che per il Nord e il Sudamerica; Miami è il principale scalo per i voli per Panama. La compagnia aerea nazionale è la COPA.

Il confine con il Costa Rica è oltrepassabile in tre punti: Paso Canoas, sulla Interamerican Highway, è il più frequentato, seguito da Guabito-Sixaola vicino alla costa caraibica. Gli autobus per il confine sono in coincidenza con i servizi di trasporto del Costa Rica. Malgrado il numero enorme di navi che attraversano il Canale di Panama, è molto difficile ottenere un passaggio via mare.

L'escursione di due settimane attraverso la giungla che comprende il Darien Gap - il territorio privo di strade che separa Yaviza dal confine colombiano - è una scelta poco saggia (v. Avvertenza), ma se volete assolutamente passare a piedi il confine tra Panama e Colombia, fatelo a Puerto Obaldía, una cittadina sonnacchiosa situata a un paio di chilometri da alcune belle spiagge.

Panama ha molte compagnie aeree e una buona rete di voli interni. Il servizio di autobus non è costoso e serve tutte le zone accessibili del paese.

Le imbarcazioni sono il principale mezzo di trasporto in molte aree di Panama, in particolare tra gli arcipelaghi di San Blas e Bocas del Toro. Le navi mercantili dei Kuna trasportano merci e passeggeri lungo la costa di San Blas, tra Colón e Puerto Obaldía. A Panama City e David è possibile noleggiare un'auto.