L'istmo di Panama è il cordone ombelicale che unisce l'America centrale al Sudamerica. Confina ad ovest con il Costa Rica e a est con la Colombia. La forma arcuata del territorio è un emblema del suo ruolo di ponte tra due continenti e di corridoio di passaggio tra due oceani. Nel punto più stretto misura soltanto 50 km di larghezza, ma lo sviluppo delle coste è molto consistente: circa 1160 km sul versante caraibico settentrionale, e 1690 km sul Pacifico, a sud. Il famoso canale è lungo 80 km e separa il paese in due regioni distinte, una orientale e l'altra occidentale.

Nelle vicinanze delle coste panamensi sono disseminate centinaia di isole. I due arcipelaghi maggiori sono quelli di San Blas e Bocas del Toro nel Mar dei Caraibi, anche se le migliori opportunità per lo snorkelling, le immersioni e la pesca d'altura sono da ricercarsi sul Pacifico, nei pressi dell'isola Coiba e delle isole Pearl. Il territorio litoraneo è formato da pianure, mentre due catene montuose percorrono il paese per tutta la lunghezza. La cima più alta è il Volcán Barú, che misura 3475 m.

Le foreste pluviali dominano la zona intorno al canale, l'area nord-occidentale del paese e gran parte della regione orientale. Malgrado sia il Costa Rica il paese centroamericano più noto per la fantastica varietà del suo ambiente naturale, in realtà Panama può vantare un numero maggiore di specie floreali e faunistiche, oltre che una più ampia percentuale di territorio destinata alla conservazione e alla protezione. Ci sono anche meno persone che attraversano la giungla allo scopo di osservare la natura, spaventando inavvertitamente gli animali e facendoli scappare. C'è del vero nel detto panamense secondo cui mentre in Costa Rica 20 turisti cercano di vedere un solo splendido quetzal, in Panama una sola persona ha la possibilità di vedere 20 esemplari di questi bellissimi uccelli.

Panama ha due stagioni: una secca, che dura da gennaio a metà aprile, e la stagione delle piogge che va da metà aprile a dicembre. Le piogge sono più consistenti sul versante caraibico degli altipiani, ma la maggioranza della popolazione si concentra sulla costa del Pacifico o nelle sue vicinanze. Le temperature sono in genere calde in pianura (tra i 21°C e i 32°C) e fresche in montagna (tra i 10°C e i 18°C), con poche variazioni nel corso dell'anno.