L'Honduras, il ginocchio dell'America centrale, confina a sud con il Nicaragua ed El Salvador e a ovest con il Guatemala. Il paese si specchia nel Mar dei Caraibi per un tratto di 644 km e nell'Oceano Pacifico con una minuscola costa di 124 km. Le Islas de la Bahía e, più a nord, le remote Swan Islands appartengono entrambe al territorio honduregno.

L'Honduras è costituito per tre quarti da colline e montagne scoscese la cui altezza varia tra i 300 e i 2850 m. Le sole pianure dell'Honduras si trovano lungo le coste e nelle principali valli fluviali. Il paese è soggetto a un violento disboscamento di 3000 kmq all'anno, che, se non verrà arrestato, trasformerà l'intera zona in un deserto del tutto privo di alberi nell'arco di un solo ventennio. Vi sono comunque aree ancora ampiamente intatte, soprattutto nella regione della Mosquitia. La fauna locale comprende giaguari, armadilli, maiali selvatici, scimmie, alligatori e una gran varietà di uccelli, tra i quali vi sono tucani, aironi e martin pescatori.

Dal punto di vista climatico l'Honduras può essere suddiviso nella fascia interna delle montagne e in quella delle pianure costiere, che a sua volta può essere distinta in una zona costiera pacifica e in una caraibica. Rispetto all'umidità della costa, l'interno è molto più fresco e nel clima temperato di Tegucigalpa le temperature massime sono comprese tra 25° e 30°C. In linea teorica, la stagione delle piogge inizia a maggio e dura fino a ottobre e, di conseguenza, l'interno e la costa pacifica presentano un clima relativamente secco tra novembre e aprile. La costa caraibica è invece bagnata dalla pioggia per tutto l'anno, anche se il periodo più umido oscilla fra settembre o ottobre a gennaio o febbraio. In tale zona la stagione turistica è compresa tra febbraio e aprile, il periodo invernale negli Stati Uniti, che è anche il priodo in cui i prezzi aumentano così come le folle dei visitatori.

L'Honduras è stato violentemente colpito dall'uragano Mitch nel novembre del 1998.