I villaggi di agricoltori e di pescatori sorti nel 2000 a.C. lungo la costa guatemalteca del Pacifico possono considerarsi i precursori della grande civiltà maya che per secoli dominò in tutta l'America centrale, lasciando in eredità le misteriose rovine. Intorno all'anno 250, nella cosiddetta epoca classica, sorsero sugli altopiani del Guatemala i grandi centri cerimoniali; durante il tardo periodo classico (dal 600 al 900) il potere centrale si spostò nelle pianure di El Petén. In seguito al misterioso crollo della civiltà Maya, si stabilì nella regione di El Petén anche la cultura itzá, in particolare intorno al luogo dove attualmente sorge Flores.

Al suo arrivo nel 1523, Pedro de Alvarado, giunto su ordine del re di Spagna per conquistare il Guatemala, non trovò che i resti dell'antica civiltà maya e un gruppo di tribù belligeranti. I regni dei Maya Quiché e Cakchiquel vennero spazzati via in breve tempo dagli eserciti di Alvarado, le terre divise in grandi latifondi e le popolazioni indigene sfruttate senza pietà dai nuovi proprietari. I frati domenicani, francescani e agostiniani, giunti poco dopo, non riuscirono a fermare lo sfruttamento; non solo, il loro fondamentalismo religioso causò la distruzione di preziose testimonianze della cultura maya.

L'indipendenza dalla Spagna, nel 1821, portò nuove ricchezze agli abitanti di sangue spagnolo (creoli) e peggiorò la situazione per i discendenti maya: le già poche misure protettive applicate dalla corona spagnola furono abolite, enormi appezzamenti di terra furono sottratti ai Maya e utilizzati per la coltivazione di tabacco e canna da zucchero, in cui i Maya stessi furono impiegati come schiavi. A partire dal raggiungimento dell'indipendenza, la politica del paese è sempre stata caratterizzata da continue lotte di potere tra fazioni di destra e di sinistra, nessuna delle quali ha mai posto come sua priorità il miglioramento delle condizioni dei Maya.

Solo pochi ed eccezionali capi di governo hanno fatto onore alla scena politica guatemalteca. L'alternanza al potere di dittatori e leader liberali con le loro politiche puramente economiche fu felicemente interrotta dall'arrivo di Juan José Arévalo, che instaurò un sistema di previdenza sociale, servizi sanitari e un ente per la salvaguardia delle popolazioni maya. Al potere dal 1945 al 1951, il regime liberale di Arévalo conobbe 25 tentativi di colpo di stato perpetrati dalle forze conservatrici dei militari. Il suo successore, il colonnello Jacobo Arbenz Guzmán, proseguì con una politica liberale e istituì una legge di riforma agraria volta a scardinare il sistema del latifondo e promuovere la nascita di piccole ma produttive aziende agricole a gestione individuale. L'esproprio delle terre controllate da società straniere (una politica appoggiata dal Partito Comunista Guatemalteco) provocò l'intervento nel paese della CIA che, nel 1954, appoggiò un colpo di stato che portò alla fuga di Arbenz Guzmán a Cuba e all'interruzione della riforma agraria.

Negli anni successivi la presidenza fu affidata a diversi esponenti militari, ma l'intensificarsi delle proteste e della repressione provocò lo scoppio della guerra civile. La forte industrializzazione degli anni '60 e '70 aiutò le classi più elevate ad arricchirsi ancora di più, mentre le città si fecero sempre più invivibili con l'arrivo in massa dei diseredati rurali in cerca di impiego. La violenta repressione da parte dei militari convinse infine gli Stati Uniti a interrompere gli aiuti militari e portò nel 1985 all'elezione del cristiano democratico Marco Vinicio Cerezo Arévalo.

Ai cinque anni di governo di Arévalo seguì la presidenza di Jorge Serrano Elías, che vinse le elezioni alla testa del Movimiento de Acción Solidaria. Tuttavia, il nuovo presidente non riuscì a porre fine a decenni di guerra civile e, vedendo diminuita la propria popolarità, si appoggiò sempre più al potere militare. Il 25 maggio 1993, dopo una serie di proteste pubbliche, Serrano mise a segno un auto-golpe. Privato dell'appoggio popolare, il presidente lasciò il paese e al suo posto venne eletto Ramiro de León Carpio, un aperto antagonista dell'esercito. La politica inaugurata da Carpio, basata sulla legge e sull'ordine, è stata recentemente ripresa dal suo successore, Alvaro Arzú, che ha cercato di risollevare il proprio paese, tormentato da lotte interne e criminalità, con politiche neo-liberali. Nel dicembre del 1996, il governo ha firmato una serie di accordi di pace con i guerriglieri di sinistra e l'esercito si è impegnato a ridimensionare il suo ruolo nelle questioni di sicurezza nazionale. Il principale problema che ostacola il cammino verso una pace durevole sono le grandi ingiustizie nel tessuto sociale ed economico della società guatemalteca.

Dopo le elezioni del 14 gennaio 2000 si è costituito un nuovo governo, guidato da Alfonso Portillo, esponente della destra. Reo confesso di omicidio, Portillo ha vinto sostenendo che se ha potuto difendere se stesso, difenderà anche i cittadini. La principale promessa della sua campagna elettorale ha avuto per oggetto la riorganizzazione delle forze armate del paese.

Per stimolare l'economia, nel giugno 2000 il Guatemala, insieme a El Salvador e l'Honduras, ha firmato un accordo di libero scambio con il Messico.

La grave crisi economica e il conseguente degrado delle condizioni generali di sicurezza, dovuto anche alla presenza diffusa di armi, fanno registrare negli ultimi sei mesi una recrudescenza di atti di violenza e di criminalità comune.

Nel 2003 il dittatore militare Efrain Rios Montt, responsabile del massacro di decine di migliaia di persone durante la guerra civile, è stato riconosciuto dalla Corte Suprema idoneo a partecipare alle elezioni presidenziali di novembre. Le elezioni, tuttavia, hanno segnato la sconfitta sia di Rios Montt che del presidente in carica Portillo, e la vittoria di Oscar Berger. Il nuovo leader ha iniziato il suo mandato nel gennaio del 2004 e ha avviato un percorso politico volto a migliorare le condizioni socio-economiche del Paese. Uno degli obiettivi di Berger è raggiungere la stabilità interna necessaria al rilancio internazionale del Guatemala. Portillo e l’ex dittatore Efran Rios Montt sono agli arresti domiciliari per genocidio.

Nel 2006 il Guatemala ha ratificato il Cafta, accordo di libero scambio fra Stati Uniti e Centroamerica. Nel gennaio 2008 si sono svolte le elezioni presidenziali e ne è uscito vincitore Alvaro Colom esponente del partito Unidad Nacional de la Esperanza che dovrebbe governare il paese fino al 2012.