El Salvador è un paese molto piccolo (grande quasi quanto la Lombardia), situato sulla costa del Pacifico dell'America centrale. Il paese confina con il Guatemala a ovest, l'Honduras a nord e a est ed è bagnato dall'Oceano Pacifico a sud.

Per la maggior parte, il paesaggio è ricco di vegetazione e circondato da rilievi avvolti nella nebbia. Il paese è punteggiato da più di 25 vulcani che non sono più in attività: i vulcani più grandi sono San Salvador, San Vicente, Santa Ana e San Miguel. I boschi occupano appena il 6% del territorio, il restante è occupato dalle coltivazioni; nelle zone montuose vi sono soprattutto piantagioni di caffè, nei bassopiani lo zucchero e nelle pianure costiere il cotone. Tuttavia El Salvador, che vanta il triste primato dei maggiori problemi ambientali nel continente americano, corre il rischio di perdere tutta la sua bellezza, soprattutto perché è l'unico paese dell'America Latina a non avere una legislazione sulla tutela dell'ambiente. Molti fiumi si trovano in gravi condizioni di inquinamento e alcuni temono che con questo ritmo di distruzione il paese rimarrà senza acqua potabile entro 10 o 15 anni.

Sebbene lo sviluppo industriale e la costruzione di strutture turistiche costituiscano due delle peggiori minacce all'ambiente, il problema più evidente è dato dai rifiuti urbani. Di solito, un gruppo di avvoltoi che volano in circolo indica che i rifiuti sono stati abbandonati sul ciglio della strada. Tra le specie faunistiche sopravvissute all'inquinamento vi sono: quetzal, tucani, scimmie, cervi dalla coda bianca e tante farfalle. Inoltre vi sono circa 90 specie in estinzione, tra le quali le tartarughe marine e gli armadilli.

Il clima presenta due stagioni principali: la stagione secca e la stagione delle piogge. Durante la stagione delle piogge, che va da maggio a ottobre, piove di solito tutte le sere. Tra novembre e aprile il clima è invece secco e il paese si copre di polvere. Le temperature giornaliere non subiscono importanti variazioni: passano dai 30°C in novembre ai 34°C nei mesi di marzo e aprile. Le pianure costiere registrano temperature molto più elevate del resto del paese. San Salvador, situato 680 m sopra il livello del mare, gode di un clima più temperato, tuttavia il tasso di umidità della capitale è molto alto.