Si pensa che gli abitanti di questa regione in origine provenissero dagli altipiani etiopici meridionali; a partire dal VII secolo la costa della Somalia divenne parte integrante di un’estesa rete commerciale che si diramava per tutto l’Oceano Indiano ed era sotto il controllo degli arabi, che quindi cominciarono ad esercitare sulle popolazioni locali una forte influenza.

Nel XIX secolo gran parte del Deserto dell’Ogaden, tecnicamente parte della Somalia, fu annesso all’Etiopia e quest’invasione è da allora motivo di screzio tra le due nazioni. Nel 1888 le potenze europee si spartirono il paese: la Francia ottenne l’area attorno al Gibuti e L’Inghilterra gran parte delle zone a nord, mentre l’Italia si prese il Puntland e le aree meridionali. Sayid Maxamed Cabdulle Xasan, affettuosamente noto anche come “Mad Mullah” (il mullah pazzo), combatté contro la Gran Bretagna per vent’anni, ma si dovette attendere il 1960 per vedere l’unificazione di Somaliland, Puntland e Somalia del Sud, che alla fine non si rivelò una grande idea.

Le tensioni tra classi, il socialismo radicale, il riarmo dell’URSS e le sporadiche (ma disastrose) guerre con l’Etiopia contribuirono a fare a pezzi il paese. Mohammed Siad Barre, l’ultimo leader riconosciuto della Somalia, fuggì in Nigeria nel 1991, quando Mogadiscio cadde in mano alle forze del Generale Aideed. L’SNM (il Movimento Nazionale Somalo), sfruttando il momento di crisi, si mosse rapidamente dichiarando l’indipendenza della Somaliland, seguito a ruota dal Puntland.

Per tutti gli anni Novanta si combatterono sanguinosi scontri in tutta la Somalia meridionale. Nel 1992 gli Stati Uniti si misero a capo di una missione ONU, conosciuta con il nome di “Operation Restore Hope”, il cui obiettivo era di fornire cibo e assistenza alle popolazioni colpite dalla guerra. Presto, però, scoppiò un piccolo ma spietato conflitto tra l’ONU e il Generale Aideed, durante il quale persero la vita, secondo i resoconti ufficiali, migliaia di persone. Le ultime truppe ONU si ritirarono nel 1995 dopo aver alleviato, anche se di poco, la carestia, ma la nazione restava una zona devastata.

La Somaliland, invece, grazie soprattutto al predominio di un singolo clan (quello Isaq), è una nazione stabile e pacifica sin dal 1991 ed ha un gran potenziale in petrolio e gas metano. Nel 1997 votò per l’indipendenza totale e nel 2003 furono indette le prime elezioni presidenziali libere (anche se adesso l’opposizione non riconosce la vittoria del Presidente Dahir Riyale Kahin). Questo nuovo stato, tuttavia, non è stato riconosciuto ufficialmente dalla comunità internazionale, che spera ancora in un trattato di pace per tutta la Somalia.

Il Puntland, invece, è tutta un’altra storia. La sua situazione si mantenne stabile fino al 2001, quando il Presidente Colonnello Yusuf si rifiutò di dimettersi dopo aver perso un’elezione, decisione che avvalorò con una piccola guerra.

Il Governo Federale di Transizione Somalo (TFG), creato nel 2000 con l’obiettivo di governare sull’intero paese, si rivelò ben presto un fallimento; attualmente controlla solo un terzo di Mogadiscio ed è regolarmente sfrattato perché non paga le bollette.

Nel 2002 l’SRRC (Concilio per la Riconciliazione e la Restaurazione della Somalia) creò un governo solo per la Somalia sud-occidentale. In seguito, sempre nel 2002, ventuno fazioni in guerra tra loro nel sud e il TFG decisero di comune accordo di cessare le ostilità iniziando dei colloqui di pace sponsorizzati dal Kenya. Purtroppo, però, gran parte dei delegati sembrava più interessata alla qualità delle loro stanze che alla creazione di uno stato funzionale.

Nel gennaio 2004, proprio durante questi colloqui, i leader politici e militari sottoscrissero un accordo per la formazione di un nuovo parlamento di transizione, che entrò in funzione nell’agosto dello stesso anno e si mise subito alla ricerca di un presidente.

Sebbene la Somalia si trovasse a 4500 km dall’epicentro, secondo i dati ufficiali nello tsunami del dicembre 2004 morirono 300 persone e altre 50000 rimasero senza casa.

Nel giugno e luglio 2006 le milizie islamiche, riunite sotto il nome di ‘Unione delle Corti Islamiche’, sconfissero i signori della guerra a Mogadiscio e imposero il loro regime su tutta la Somalia meridionale, esclusa l’area di Baidoa.

Il 31 gennaio 2009 il leader di una fazione moderata dell'Unione delle Corti Islamiche Sheikh Sharif Sheikh Ahmed è stato eletto capo del governo federale di transizione. Sharif, leader dell'Alleanza per la ri-liberazione della Somalia (ARS), ha sconfitto il primo ministro Nur Hassan Hussein appoggiato della comunità internazionale, e il generale Maslah Mohamed Siad, figlio dell'ultimo presidente della Somalia prima della guerra, Siad Barre.

Gran parte della Somalia centro-meridionale e’ sotto l’occupazione del movimento estremistico islamista “Shabaab”. Dai primi di maggio, a Mogadiscio e’ in corso un attacco armato degli Shabaab al Governo Federale Transitorio. Mentre in tutta la Somalia centro-meridionale il rischio resta altissimo, anche nelle regioni del Puntland e del Somaliland (Hargheisa e Bosaso sono state colpite da cinque attentati suicidi avvenuti il 29/10/2008) le condizioni di sicurezza sono estremamente precarie, a causa di possibili azioni di estremisti islamici. In tutto il Paese permane elevatissimo il rischio di rapimenti di stranieri. Si sono recentemente registrati sconfinamenti di predoni verso il vicino Kenya, che hanno assaltato e rapito stranieri portandoli nel territorio somalo a scopo di riscatto.