Le Seychelles rimasero disabitate fino al XVII secolo. Nel 1609 una nave inglese della Compagnia delle Indie Orientali approdò per la prima volta in una delle isole; negli anni successivi l'arcipelago divenne la base dei pirati che dai Caraibi si erano spostati nell'Oceano Indiano.

Nel 1742 il governatore di Mauritius, Mahé de La Bourdonnais, mandò in ricognizione una nave, il cui capitano, Picault, diede all'isola il nome di Mahé, in onore del governatore stesso, favorendo, dodici anni dopo, l'inizio delle rivendicazioni di diritti sull'isola da parte dei francesi. Nel 1770 la Francia inviò una nave di coloni e di schiavi che cominciarono a coltivare spezie, manioca, canna da zucchero, caffè, patate dolci e mais e allevarono le tartarughe giganti già presenti sull'isola.

Alla fine del XVIII secolo gli inglesi cominciarono a interessarsi all'arcipelago. Il governatore francese di allora, de Quinssy, temendo di essere attaccato dagli inglesi, abbassò la bandiera francese in segno di resa, ma i rivali non si fermarono e allora la rialzò: il fatto si ripeté per ben dodici volte, finché nel 1814, dopo la sconfitta di Napoleone, gli inglesi si impossessarono delle isole. Durante il dominio britannico aumentò il numero degli schiavi e dei prigionieri politici, ma la lingua ufficiale rimase il francese e la cultura francese continuò a essere dominante.

Nel 1964 nacquero i primi partiti politici: France-Albert René fondò il Partito Unito del Popolo delle Seychelles (SPUP), mentre James Mancham divenne il leader del Partito Democratico delle Seychelles (SDP). Nel 1966 e nel 1970 l'SDP, partito dei coloni e degli imprenditori, vinse le elezioni e sconfisse il socialista SPUP. Nel 1976 l'arcipelago ottenne l'indipendenza e i due partiti formarono la coalizione di governo: Sir Jim divenne presidente e René primo ministro. Il presidente decise allora che le Seychelles sarebbero diventate la più esclusiva fra le destinazioni tropicali (Sir Jim si fece strada nel jet-set mondiale e trasformò le isole in luogo di villeggiatura per ricchi). Il primo ministro, tuttavia, sembrava non gradire che di tanta ricchezza solo una minima parte toccasse al popolo: il 5 giugno 1977 René organizzò un colpo di stato quasi incruento, con l'aiuto di soldati sbarcati apposta dalla Tanzania e dalla Corea del Nord.

Nel 1981 un gruppo di mercenari sudafricani tentò di invadere la repubblica, ma furono scoperti all'aeroporto, dove uccisero due persone e dirottarono un aereo per il ritorno. In seguito René bandì l'SDP e i relativi sostenitori, i quali organizzarono movimenti di protesta nel Regno Unito, in Sudafrica e in Australia. Il turismo nel frattempo ha cominciato a risentire della politica di repressione e dei tentativi di colpo di stato.

Nel dicembre 1991 René ha sorpreso gli oppositori (e probabilmente anche i suoi sostenitori) decidendo di legalizzare i partiti di opposizione, forse in seguito alle pressioni internazionali. Nel 1993 si sono tenute, con gli osservatori del Commonwealth, le prime elezioni multipartitiche, nelle quali René ha vinto con una risicata maggioranza, mentre Mancham, circondato dagli uomini della sicurezza SAS, ha ottenuto un terzo dei voti sostenendo che si erano verificati brogli. In seguito è stata promulgata una nuova costituzione che prevede il multipartitismo. Nelle elezioni del 1998, e in quelle anticipate del settembre 2001, René si è confermato vincitore.

Le elezioni dell'Assemblée Nationale (6 dicembre 2002), seppure siano state giudicate dagli osservatori internazionali formalmente regolari, sono state condizionate da pressioni, minacce, intimidazioni, corruttele in tutta la fase pre-elettorale. Tuttavia, poco alla volta l'opposizione si rafforza e passa da tre a undici deputati su un totale di trentacinque.

Il 14 aprile 2004 France-Albert René ha dato le dimissioni lasciando la presidenza al vicepresidente, James Alix Michel.