I primi abitanti dell'Africa meridionale furono i san, un popolo nomade organizzato in grandi gruppi familiari e in grado di adattarsi alle condizioni territoriali più difficili. Le comunità san subirono in seguito la pressione dei gruppi khoi-khoi. Questi ultimi erano un popolo dedito all'allevamento del bestiame più che alla caccia e tra i primi produttori di vasellame registrati dagli archeologi. Provenienti dal sud, rimpiazzarono gradualmente i san, e mantennero il dominio in Namibia fino al 1500 d. C. circa. In Namibia vivono ancora discendenti dei khoi-khoi e dei san, ma pochi conservano uno stile di vita tradizionale. In un periodo compreso tra 2300 e 2400 anni fa, i primi bantu comparvero sugli altipiani della Namibia centro-meridionale. Il loro arrivo segnò la comparsa delle prime strutture tribali nelle società dell'Africa meridionale. Altre tribù si ritirarono nel deserto o nelle paludi del delta dell'Okavango o vennero asservite alla società bantu.

La Namibia, per via delle sue coste tra le più aride e inospitali al mondo, fu a lungo ignorata dagli esploratori europei. I primi visitatori furono dei marinai portoghesi in cerca di una rotta per le Indie verso la fine del XV secolo, ma limitarono le proprie attività in Namibia alla costruzione di croci di pietra in alcuni punti della costa come punti di riferimento per la navigazione. Fu durante gli scontri tra potenze coloniali verso la fine del XIX secolo che la Namibia venne annessa alla Prussia, fatta eccezione per l'enclave di Walvis Bay, di cui gli Inglesi si impossessarono nel 1878. Nel 1904 la popolazione herero, allevatori di bestiame di lingua bantu, diede vita a una rivolta che venne però subito violentemente sedata. Intanto un lavoratore sudafricano scoprì delle miniere di diamanti a est di Lüderitz. In un batter d'occhio, le autorità tedesche dichiararono l'intera zona tra Lüderitz e il fiume Orange 'sperrgebiet', cioè 'zona proibita'. Il dominio tedesco terminò con la prima guerra mondiale, quando le forze della Germania si arresero a un corpo di spedizione sudafricano che combatteva per gli Alleati.

Alla fine della prima guerra mondiale, il Sudafrica ottenne dalla Società delle Nazioni un mandato per l'amministrazione del territorio (allora noto come West South Africa). Il mandato venne rinnovato dalle Nazioni Unite dopo la seconda guerra mondiale, ma l'organizzazione rifiutò di sancire la completa annessione del paese al Sudafrica. Imperturbato, il governo sudafricano strinse la propria presa sul territorio e, nel 1949, garantì la rappresentanza parlamentare alla popolazione bianca. La maggior parte delle tenute della Namibia venne suddivisa in 6000 fattorie di proprietà dei coloni bianchi, mentre i lavoratori neri vennero confinati con le loro famiglie nelle 'riserve'.

La maggior parte degli abitanti della Namibia fu destinata ai lavori forzati fin dall'annessione da parte della Germania, e questo fu uno dei principali fattori scatenanti delle dimostrazioni di massa e dell'intensificarsi del sentimento nazionalista verso la fine degli anni '50. In quel periodo vennero costituiti diversi partiti e organizzati i primi scioperi. Verso la fine degli anni '60 la maggior parte di questi partiti era riunita nella South West Africa People's Organisation (SWAPO), che portò la difficile problematica dell'occupazione sudafricana all'attenzione del Consiglio di Sicurezza dell'ONU.

Le pressioni del Consiglio di Sicurezza non ebbero alcun esito, ma nel 1966 l'ONU votò la sospensione del mandato sudafricano e istituì il Council for South West Africa, cui affidò l'amministrazione del territorio. Nello stesso tempo la SWAPO adottò una tattica di guerriglia, ma la sua incapacità di garantire un autogoverno stabile facilitò la rivendicazione del controllo sulla Namibia da parte del Sudafrica. Il Sudafrica si rifiutò di negoziare su un programma per l'indipendenza della Namibia sotto la supervisione dell'ONU fino a quando le forze cubane (circa 19.000 uomini) non avessero lasciato il territorio confinante dell'Angola. In risposta, la SWAPO intensificò le attività di guerriglia, limitando fortemente i movimenti nel nord del paese.

La popolazione della Namibia era piegata dalla guerra e anche le ripercussioni a livello economico erano pesanti. Nel 1985 anche il Sudafrica cominciò a risentirne e a disinteressarsi della questione a causa di altri problemi interni. Una risoluzione dell'ONU stabilì che le forze cubane avrebbero lasciato l'Angola se il Sudafrica avesse ritirato le proprie truppe dalla Namibia. Nel novembre del 1989, sotto la supervisione dell'ONU, vennero indette le prime elezioni, nelle quali la SWAPO ottenne una netta maggioranza. Nel febbraio del 1990 venne adottata una costituzione, il mese seguente venne proclamata l'indipendenza, sotto la presidenza del leader della SWAPO Sam Nujoma. Nujoma venne rieletto nel 1994 e iniziò un programma di ricostruzione per il paese basato sul mantenimento di un'economia mista e di una partnership con il settore privato. Nel marzo del 1998 Nujoma assunse come moneta della Namibia il rand sudafricano. Poco prima della fine del 1999, in nome di un patto di mutua difesa la Namibia accettò che, all'interno del proprio territorio, l'Angola attaccasse i ribelli dell'UNITA (Unione Nazionale per l'Indipendenza totale dell'Angola). Tutto ciò spinse la Namibia in una delle guerre civili più lunghe dell'Africa e fu causa d'instabilità lungo il confine settentrionale.

Nel novembre 2001 Nojuma ha annunciato che, quando il suo mandato terminerà nel 2004, non si ricandiderà.

Nel corso del 2002 la Forza di difesa della Namibia (FdN) ha compiuto diverse operazioni nell'Angola meridionale a sostegno dell'esercito angolano, inoltrandosi nel territorio controllato dai ribelli dell'UNITA. Moltissimi profughi angolani hanno cercato scampo in Namibia ma, nella provincia del Caprivi occidentale, le forze di polizia e l'esercito della Namibia li hanno rimpatriati a forza in Angola. Inoltre truppe del FdN hanno commesso violazioni dei diritti umani nelle province di Caprivi e di Okavango, al confine con l'Angola, a danno di esponenti della comunità San Xxoe, provocando un esodo verso il Botswana. Il governo ha imposto forti restrizioni alla libertà d'espressione e sono state segnalate violenze, aggressioni, incarcerazioni e minacce di deportazioni compiute dalla polizia contro omosessuali e lesbiche.

Nel novembre 2004, in Namibia si sono svolte le elezioni presidenziali e dell’Assemblea Nazionale. L’affluenza alle urne è stata molto alta, al punto che il nuovo presidente Hifikepunye Pohamba è stato eletto con il contributo del 77 % dei votanti ed il partito di maggioranza si è guadagnato 55 sui 72 seggi in Parlamento. Un cambiamento dopo 14 anni di presidenza di Sam Nujoma. I motivi per l'ottimismo non mancano: gli osservatori internazionali sottolineano come l’appartenenza del nuovo presidente allo stesso partito del presidente uscente, la SWAPO, garantirà una forte continuità nelle politiche del paese (estrazione mineraria, riforma della terra, lotta all’AIDS), ma anche qualche perplessità sul rispetto dei diritti civili.