Il Malawi è un piccolo paese senza sbocco al mare stretto tra lo Zambia, la Tanzania e il Mozambico. Con i suoi 900 km circa di lunghezza e 150 km di larghezza massima, il Malawi è leggermente più grande della Bulgaria o di Cuba. Gran parte del suo confine orientale è delimitato dal Lago Malawi (chiamato anche Nyasa), che è il terzo lago per dimensioni dell'Africa e copre quasi un quinto della superficie totale del paese. La Great Rift Valley attraversa il Malawi formando la depressione che ospita il Lago Malawi.

Le principali regioni montuose del paese sono gli altipiani Nyika e Viphya e il Monte Mulanje a sud. Il punto più alto del Malawi è la cima del Sapitwa (3000 m) al centro del massiccio del Mulanje. Il fiume principale del paese è lo Shire (si pronuncia 'Shir-i'), che nasce dall'estremità meridionale del Lago Malawi e sfocia nel Fiume Zambesi, in Mozambico.

La vegetazione del Malawi comprende boschi di miombo, che si trovano nelle zone più umide, intorno ai 1500 m di quota; il mopane di pianura, che si trova al centro della Valle dello Shire e lungo la sponda meridionale del Lago Malawi; foreste di sempreverdi, che crescono in varie zone del paese; praterie montane, sulle colline del nord; e i terreni paludosi delle rive dei laghi e dei fiumi. Il paese vanta molti tipi diversi di fiori selvatici endemici, grazie all'ampia gamma di habitat. Ci sono numerose varietà di protee, aloe, gladioli ed helichrysum (comunemente noti come 'semprevivi'). Il Malawi è in particolare famoso per le sue orchidee, di cui sono state registrate oltre 400 specie.

In Malawi non s'incontrano, come in altri paesi, nutriti branchi di animali selvatici, ma è presente comunque un gran numero di grossi animali. La maggior parte si trova nei parchi nazionali e nelle riserve di caccia del paese. Liwonde, il più importante parco nazionale del Malawi, è famoso per i suoi branchi di elefanti e antilopi (tra cui impala, tragelafi striati e cudù) e per gli ippopotami che vivono sul Fiume Shire. Zebre, facoceri, antilopi alcine, sciacalli e antilopi sudafricane sono più diffusi al nord, specialmente nel Nyika National Park. Il Malawi è noto anche per i suoi pesci - nel Lago Malawi vi sono più di 500 specie di pesci, un numero più alto che in qualunque altro bacino idrico interno del mondo. La stagione delle piogge va da metà ottobre o dall'inizio di novembre alla metà o alla fine di aprile; la stagione secca va da maggio a ottobre o novembre. In media, le temperature diurne raggiungono il valore massimo di circa 32°C (90°F) in ottobre (ma ci può essere qualche grado in più nelle zone dell'entroterra, come la Shire Valley); luglio è il mese più fresco, con temperature massime diurne intorno ai 21°C (70°F).