Con una superficie equivalente a quelle di Spagna e Portogallo messe insieme, il Madagascar è la quarta tra le maggiori isole del mondo, dopo Groenlandia, Nuova Guinea e Borneo. Si trova nell'Oceano Indiano, al largo delle coste del Mozambico, separata dall'Africa continentale dai 400 km del Canale di Mozambico. Al contrario delle vicine isole vulcaniche, come Mauritius, Réunion, Rodriguez e le Comore, il Madagascar deve la propria genesi alla deriva dei continenti piuttosto che a un'eruzione vulcanica. L'isola si separò dal continente africano circa 165 milioni di anni fa. Gran parte delle foreste pluviali si estende lungo la stretta fascia costiera orientale; gli elevati altipiani centrali presentano un clima piuttosto freddo, mentre l'ovest è occupato da pianure e depressioni.

Il Madagascar è un continente in miniatura, che presenta habitat estremamente diversi tra loro e, come molte altre isole, un gran numero di specie endemiche (alcune delle quali davvero bizzarre). La comunità internazionale per la tutela ambientale considera l'isola uno dei paesi ecologicamente più ricchi del pianeta: il Madagascar e le vicine Isole Comore posseggono circa un quarto delle piante da fiore di tutta l'Africa. Sull'isola vive anche il 90% delle specie conosciute di lemuri e metà dei camaleonti del mondo. Se si considerano poi il baobab, i peculiari cactus e aloe delle zone secche, si completa un quadro ecologico di una ricchezza davvero straordinaria.

A eccezione dell'estremità meridionale, il Madagascar è interamente compreso tra i tropici. Tuttavia gli 'hauts plateaux', che si stendono per l'intera lunghezza dell'isola, formandone la spina dorsale, presentano un clima sufficientemente mite da consentire la crescita di meli e noccioli e persino vigneti sopra gli 800 m. Alle altitudini più elevate, durante l'inverno cade spesso la neve. Gli alisei soffiano da est e i monsoni da nord-ovest. Gran parte delle piogge cadono sulla costa orientale e nell'estremo nord, mentre a sud-ovest degli altipiani il clima rimane quasi sempre secco. Da gennaio a marzo, la costa orientale, l'estremo nord e, talvolta, l'estremo sud vengono colpiti da occasionali cicloni devastanti.

La creazione di risaie e l'utilizzo di tecnologie distruttive con cui l'uomo si è fatto spazio ha dato luogo a una situazione davvero critica: attualmente sopravvive solo il 15% della foresta primaria. Questo ha provocato gravi erosioni del suolo, tali da definire il Madagascar come la Grande Isola Rossa. Si fa molta pressione sulla sua sorprendente biodiversità, proprio mentre il paese, tradizionalmente povero, cerca altre fonti di guadagno che non siano le sue risorse naturali. La risposta potrebbe trovarsi nelle tecniche agricole migliorate di recente e nel redditizio mercato dell'ecoturismo che comincia a prendere piede.