Il paese è costituito da due province: l'isola di Bioko, che si trova nella Baia di Biafra, a 40 km dalla costa del Camerun, e Rio Muni, che è molto più grande ed è situata sulla costa africana, tra il Camerun, a nord, e il Gabon, a sud e a est.

La Guinea Equatoriale è ricoperta da una fitta vegetazione. Trattandosi di un vulcano estinto, Bioko ha un terreno estremamente fertile, che permette agli alberi e alle viti di crescere molto rapidamente. Gli agricoltori trascorrono parecchio tempo a impedire che le viti invadano le loro piantagioni di cacao. Rio Muni, ampiamente negletta dalle scoperte e dalle innovazioni del XX secolo, è anch'essa ricca di vegetazione e vanta numerose specie di animali allo stato naturale, compresi elefanti, leoni e gazzelle.

La Guinea Equatoriale è un paese tropicale molto piovoso. Sull'isola di Bioko la stagione delle piogge va da luglio a gennaio, mentre sulla terraferma piove meno e le precipitazioni si concentrano per lo più tra aprile e maggio e tra ottobre e dicembre.