Due sole cose sono certe rispetto al Gabon: la prima è che la sua storia precoloniale è avvolta nel mistero e la seconda è che qualsiasi sia stato il suo passato, il paese ha fatto passi da gigante in un lasso di tempo relativamente breve. Gli studiosi sostengono che gli abitanti originali della zona fossero i pigmei, poi velocemente scacciati dai Fang, popolazioni emigrate verso sud dal Camerun e dalla Guinea Equatoriale tra il XVI e il XVIII secolo. Solo piccole unità familiari di pigmei sopravvivono attualmente nelle zone più isolate del paese.

I contatti con gli europei, iniziati con l'arrivo dei portoghesi nel 1472, misero in moto una serie di avvenimenti destinati ad avere un effetto profondo sulla struttura sociale tribale. I portoghesi non si addentrarono nell'interno del paese, ma preferirono stabilire le loro basi sulle vicine isole di Bioko e di São Tomé; tuttavia le navi inglesi, olandesi e francesi attraccavano regolarmente lungo la costa per commerciare in schiavi, avorio e preziosi legni tropicali. La capitale Libreville, creata nel 1849 per insediarvi gli schiavi liberati, divenne ben presto un punto di richiamo per tutti i missionari timorati di Dio del mondo occidentale, per i quali rappresentava una fonte inesauribile di anime pagane da salvare. Nel 1904 la capitale del Congo fu trasferita da Libreville a Brazzaville, nel Congo, e sei anni più tardi il Gabon fu dichiarato colonia francese nell'ambito dell'Africa Equatoriale Francese.

Nel 1912 Albert Schweitzer, missionario sui generis, ex teologo e medico, partì en famille per il Gabon e vi fondò l'ospedale di Lambaréné. Nata da una stia per polli restaurata alla bell'e meglio, con l'andar degli anni la struttura sanitaria si sviluppò in un complesso ospedaliero multifunzionale. Schweitzer continuò a mantenere legami molto stretti con l'ospedale fino alla sua morte, avvenuta all'età di novant'anni. Una delle misure più radicali da lui adottate fu quella di allentare i rigidi standard igienici per consentire ai parenti di preparare sul posto il cibo per i loro malati. Il lavoro di Schweitzer in Gabon venne ricompensato con il premio Nobel per la pace.

All'inizio del XX secolo, quando la colonizzazione era ancora considerata una questione economica piuttosto che un problema sociale o etico, le società private francesi sfruttavano il Gabon obbligando gli africani a lavorare per loro. I gabonesi, che solo da poco tempo si erano liberati dalle catene della schiavitù, non tolleravano ovviamente di buon animo questa nuova forma di asservimento sotto contratto e allo stesso modo di altri popoli africani dell'Africa Equatoriale Francese davano periodicamente sfogo alla loro rabbia in aperte ribellioni. Ogni rivolta veniva domata, ma nel momento in cui i vecchi regimi vennero finalmente spazzati via, le imprese francesi avevano ormai distrutto le foreste, sfruttato al massimo gran parte delle risorse naturali e gettato il paese in una recessione economica che sarebbe durata fino oltre la prima guerra mondiale.

Nel 1960 Leo M'Ba venne eletto primo presidente della nuova Repubblica del Gabon, sopravvisse a un tentativo di colpo di stato verso la metà degli anni '60 e rimase al suo posto fino al 1967, anno in cui morì per cause naturali, un fatto di non scarsa rilevanza se si pensa che i presidenti di altri stati africani vengono il più delle volte eletti sotto la minaccia di un'arma da fuoco e deposti più o meno nello stesso modo. Il suo successore, il minuscolo Albert-Bernard Bongo, fece del Gabon uno stato con un unico partito e poi si convertì all'Islam assumendo il nome di El Hadj Omar Bongo. La sua nomina coincise casualmente con lo sfruttamento di giacimenti di manganese e di uranio e con il rialzo dei prezzi del petrolio. Questi fattori contribuirono all'avvio del 'miracolo gabonese', un decennio di ricchezza incalcolabile caratterizzato da uno stile di vita tutto caviale e champagne e dal prevalere di una mentalità spendacciona. Nell'anno in cui il prezzo del petrolio raggiunse il culmine, il Gabon ospitò un incontro al vertice dell'Organizzazione dell'Unità Africana per organizzare il quale spese la cifra sbalorditiva di 1 miliardo di dollari.

Quando all'inizio degli anni '80 i prezzi del petrolio crollarono, le finanze del Gabon fecero la stessa fine, ma nonostante il drammatico cambiamento delle prospettive economiche del paese Bongo conservò la carica di presidente, adottando una drastica strategia di riduzione delle spese, difesa dei confini, isolazionismo, severità, remunerativi impieghi ministeriali per chi sosteneva la sua linea politica e una quantità di guardie del corpo marocchine, mercenari europei e consiglieri militari e politici francesi. La sua strategia ebbe successo e nonostante nel 1990 una certa irrequietezza sociale costringesse il governo alla legalizzazione dei partiti politici allo scopo di indire libere elezioni, Bongo continuò a sconfiggere gli altri candidati, come si verificò puntualmente anche nelle consultazioni elettorali del 1998 che gli assicurarono un ulteriore mandato di sette anni. Mentre in Gabon la salute pubblica e l'istruzione sono ancora lontane dall'aver raggiunto un livello accettabile, pare che Bongo abbia utilizzato i cospicui fondi nazionali derivanti dalla produzione del petrolio per acquistare vaste proprietà immobiliari a Parigi, e depositato milioni di dollari in conti privati a New York. Dopo trent'anni di elezioni alterate da brogli, i cittadini del Gabon si sono recati in pochi (meno del 20%) alle urne per le parlamentari del dicembre 2002. Il parti democratique gabonaise del presidente ha vinto (anche in questa occasione i brogli non sono mancati) e così, salute permettendo, Bongo può candidarsi alle presidenziali del 2005 per un altro settennato. Gli oppositori sono stati esiliati, schiacciati o cooptati.

Gli ecologi temono che il taglio e il trasporto di tronchi d'albero, che è rapidamente aumentato, possa minacciare la foresta tropicale del Gabon, una delle più folte di tutta l'Africa grazie alle sue 80.000 specie di piante.

A cavallo tra maggio e giugno 2004 si è svolta l'ottava edizione della Festa delle culture, la più grande manifestazione culurale del Gabon. 'Il dialogo tra le culture è pace' ne è stato il tema, che ha fatto incontrare settecento gruppi provenienti dalle nove province del paese e artisti europei, statunitensi e asiatici. Far conoscere la propria cultura e conoscere quella degli altri, uscendo dai propri pregiudizi è un forte messaggio espresso dal Gabon che fa convivere una quarantina di etnie in una popolazione di poco superiore a 1.300.000 abitanti.

Nel settembre 2009, dopo elezioni contestate, è salito al potere Ali-Ben Bongo Ondimba, figlio di Omar Bongo. Quest'ultino è stato, a sua volta, presidente del Gabon dal 1967 fino al 2009, anno della sua morte.