Insieme a Gibuti, Somalia, Yemen e Kenia, l'Eritrea è uno dei siti della favolosa 'Terra di Punt', regione del Corno d'Africa ricca di materie prime e amata dai faraoni egizi già verso il 2900 a.C. Conosciuta anche come 'La Terra degli Dei', sul suo territorio si commerciavano beni molto ricercati (oro, incenso e avorio, ebano e schiavi).

Il primo insediamento umano nella Valle di Barka sembra risalire all'8000 a.C. Si crede che le popolazioni insediate qui fossero imparentate con i pigmei dell'Africa centrale. Dopo migliaia di anni di scambi e mescolanze etniche, le popolazioni residenti nella zona stabilirono relazioni commerciali con i gruppi etnici vicini.

Il potente regno di Aksum, insediato nel territorio che oggi corrisponde al nord dell'Etiopia, iniziò a far sentire la sua influenza nel I secolo d.C. e si servì del porto di Adulis, in Eritrea, per il commercio marittimo di gran parte delle sue merci. Gli eritrei non solo gestivano il commercio estero degli aksumiti, ma commerciavano anche loro prodotti, come la pietra vulcanica, l'ossidiana (molto richiesta nel settore dell'oreficeria) e i gusci di tartaruga, di cui era ricco il Mar Rosso. Il cristianesimo, giunto nel paese con il naufragio di alcuni mercanti siriani cristiani, si estese velocemente, fino a diventare la religione principale, ed esercitò una profonda influenza sullo sviluppo della cultura eritrea.

Il declino della civiltà aksumita cominciò nel VII secolo, periodo nel quale gli arabi iniziarono a dominare il commercio sul Mar Rosso e l'islam iniziò a diffondersi nell'Arcipelago Dahlak e su parte delle coste della terraferma. Nel frattempo le tribù vicine, tra le quali i Beja, diedero inizio ad emigrazioni di massa verso l'entroterra. Il porto eritreo costituiva un'allettante porta di ingresso per il commercio sul Mar Rosso: come era prevedibile, nel XVI secolo i turchi presero possesso di tutta la costa e la dominarono per i successivi 300 anni.

Durante il XIX secolo, l'Egitto, prendendo esempio dalla politica che i turchi conducevano in quelle terre, attuò un tentativo di invasione nei territori pianeggianti occidentali dell'Eritrea e in parte dell'Etiopia e del Sudan. Ma il re etiope Yohannes, sentendosi minacciato, reagì prontamente dichiarando guerra all'Egitto e sconfiggendo l'esercito egiziano. Purtroppo la tattica usata da Yohannes non funzionò con gli invasori successivi, gli italiani, i quali, rimasti a guardare mentre i francesi mettevano le mani su Gibuti e mentre gli inglesi si impossessavano di lembi di territorio in Yemen e in Somalia, intrapresero nel 1882 una politica di colonizzazione nell'Eritrea meridionale. Yohannes ebbe paura della politica espansionista degli europei e nel 1887 affrontò gli italiani in battaglia. Ma alla morte di Yohannes, avvenuta due anni dopo in battaglia, il successivo imperatore etiope, Menelik, firmò un patto nel quale cedette agli italiani la regione che poi diventò l'Eritrea.

L'Italia iniziò a finanziare lo sviluppo di queste nuove colonie economicamente strategiche, e portò a termine grandi opere come la costruzione di una linea ferroviaria tra Massaua e Asmara, un'importante rete stradale, ponti, gallerie e un sistema di telecomunicazioni molto efficiente per quei tempi.

Negli anni '30, l'Eritrea era la colonia più industrializzata dell'Africa, ma le popolazioni locali, spogliate della maggior parte delle terre e costrette a subire il giogo della colonizzazione in ogni parte del paese, pagavano caro il prezzo dello sviluppo.

Il dominio italiano iniziò a declinare quando, all'inizio del secondo conflitto mondiale, l'Italia dichiarò guerra all'Inghilterra. Circa un anno più tardi, Asmara si arrese e l'Eritrea divenne un territorio sotto mandato britannico, anche se la vecchia amministrazione italiana continuò a occuparsi della colonia fino al termine della guerra, nel 1945. Negli anni successivi, l'Eritrea attraversò difficoltà economiche, dovute alla decisione dell'amministrazione britannica di rimuovere e smantellare il più possibile le infrastrutture locali per portarle in Inghilterra. Le cose peggiorarono dopo la risoluzione delle Nazioni Unite del 1950, che fece dell'Eritrea la quattordicesima provincia dell'Etiopia.

L'unione con l'Etiopia non fu mai felice. Con un'economia dissanguata, dirigenti politici stranieri e una nuova lingua nazionale (l'amarico infatti sostituì il tigrino nelle scuole), molto rapidamente l'Eritrea si ritrovò sotto un vero e proprio giogo culturale. Nel 1960 lo scontento eritreo crebbe quando l'Etiopia proclamò l'annessione formale (e illegale) del territorio eritreo al proprio impero. L'anno successivo l'Eritrea entrò in lotta per l'indipendenza.

La più lunga guerra africana del XX secolo durò più di trent'anni e costò la vita a più di 70.000 persone. La vittoria delle forze eritree, nel 1991, sorprende non solo perché segnò il termine di un dramma umano, ma soprattutto perché l'Eritrea riuscì a sconfiggere l'esercito etiope, potente e sostenuto da americani e russi.

Nel 1993 il Governo Provvisorio lanciò un referendum per l'indipendenza, nel quale il 99,81% dei votanti si espresse per il 'si'. Nei quattro anni successivi la nuova amministrazione iniziò la ricostruzione del paese, introdusse leggi a tutela dell'ambiente e delle donne, e cercò di creare legami duraturi con i paesi africani confinanti (tra i quali anche l'Etiopia) e con la comunità internazionale.

Nel 1997 la rivalità tra Etiopia ed Eritrea si è riaccesa, in primo luogo a causa dell'adozione da parte degli eritrei di una nuova moneta, il nafka, al posto del vecchio birr etiopico, in secondo luogo a causa di accordi commerciali poco equi. Nel maggio del 1998 è scoppiato un conflitto per il possesso di un lembo di terra di 390 kmq sul confine chiamato il 'Triangolo di Yirga', conosciuto anche come Badme, dal nome della città più importante di questa regione. La questione, che sembra legata a vecchia ruggine, ha riaperto le ostilità tra i due paesi, con piena soddisfazione di Somalia e Gibuti. Un accordo di cessate il fuoco è stato firmato nel giugno del 2000 e ratificato sei mesi dopo da un trattato che ha condotto alla creazione di una zona tampone nei pressi del confine, sotto il controllo delle forze di pace ONU. Etiopia ed Eritrea si sono impegnate a definire i confini in modo definitivo.

Nell'aprile del 2002 la Commissione dell'Aia ha esercitato la propria pressione e la costruzione dei posti di confine è iniziata nel maggio 2003. Le relazioni con l'Etiopia resteranno tese fino a quando la demarcazione non sarà completata. Tuttora la questione dei confini rimane irrisolta.