Le immersioni nelle Comore sono state ampiamente pubblicizzate, ma il fondale non è paragonabile a quello delle Seychelles o di Mauritius. Al momento esiste un'unica scuola di sub. Le barriere coralline di Mayotte attirano sia turisti sia abitanti del posto. La pesca d'altura è possibile, ma è costosa e riservata ai ricconi in continuo movimento da un'isola all'altra e ai loro abbronzatissimi amici. Le uscite in barca si possono prenotare presso le stesse compagnie che organizzano immersioni subacquee.

Per tutti coloro che hanno un budget limitato ma buone gambe, le escursioni a piedi rappresentano un ottimo modo per visitare le isole e abituarsi ai ritmi della vita insulare. I sentieri non sono particolarmente impegnativi (a eccezione di quello che porta al monte Karthala) e vi sono una miriade di percorsi panoramici tra cui scegliere. Molti conducono a imponenti cascate, passano attraverso foreste pluviali o arrivano su bellissime spiagge deserte. A Itsandra e Ngwala, su Gran Comore, vi sono alcune spiagge che si prestano a belle nuotate, ma se ne sono impossessati gli alberghi e accedervi vi costerà un occhio della testa. Vi andrà meglio sulle isole di Anjouan e Mohéli, dove le spiagge sono libere e numerose.