A causa dei continui conflitti, sono veramente poche le linee aeree che fanno scalo in Burundi. Kenya Airways ha voli per Nairobi. Air Burundi ed Ethiopian Airlines comprono il breve tragitto fino a Kigali. Prendere uno dei minibus gestiti da Yahoo Express è probabilmente il modo più scuro di entrare e uscire dal paese via terra. Ci sono bus giornalieri che collegano Kayanza (in Burundi) a Butare (in Ruanda). Il traghetto MV Mwongozo si sposta lungo il lago Tanganica e collega Bujumbura a Kigoma (in Tanzania). In ogni caso, vi consigliamo di rivolgervi sempre alla gente del luogo per sapere quali siano i luoghi più pericoli e quale sia la situazione politica del momento.

Air Burundi, la compagnia aerea nazionale, non ha voli interni regolari. La maggior parte delle strade del paese sono chiuse e i trasporti pubblici sono organizzati in prevalenza con minibus. Le destinazioni sono esposte sul parabrezza e gli autobus, che partono quando sono pieni, si possono prendere per tutto il giorno alle gare routière (stazioni dei pullman) in tutte le città. Viaggiare per le campagne, tuttavia, è potenzialmente letale a causa dei frequenti agguati organizzati dai ribelli, quindi chiedete in giro prima di uscire da Bujumbura, se vi state solo dirigendo a Gitega, la seconda città del paese.