Gran parte del Burkina Faso è abitata dai discendenti dell'impero dei Mossi, fondato nel XV secolo da un gruppo di cavalieri provenienti dal vicino Ghana. Al contrario di altri paesi africani organizzati in un sistema non gerarchico di villaggi, l'amministrazione dell'impero fu sempre gerarchica: qui si dava al 'sangue blu' più importanza che a Windsor. Per proteggere il regno furono create assemblee legislative, strutture amministrative, incarichi ministeriali e una cavalleria che fronteggiò sempre l'avanzata dei vicini popoli musulmani. Questo spiega perché il Burkina Faso è ancor oggi uno dei pochi paesi dell'Africa occidentali non a prevalenza musulmana.

La situazione in Alto Volta (si chiamava così allora) rimase relativamente stabile fino all'arrivo dei francesi nel 1897, che decisero di frazionare il paese. Parti dell'Alto Volta furono date al Mali, al Niger e alla Costa d'Avorio. La tratta degli abitanti del posto come schiavi nelle piantagioni francesi della vicina Costa d'Avorio fu infine la ciliegina sulla torta. Per 60 anni l'Alto Volta fu il cugino brutto e povero della Costa d'Avorio.

Verso la metà del XX secolo, l'Alto Volta fu tra i più decisi a chiedere l'indipendenza. Nel 1960 Maurice Yaméogo, un mossi, venne eletto come primo presidente del paese. Purtroppo confuse l'incarico con un mandato a fare quel che gli pareva, e una serie di disastrose politiche economiche unite al lassismo nei confronti della corruzione portarono a rivolte e dimostrazioni popolari. Nel 1966 un colpo di stato militare rovesciò il governo di Yaméogo, accusato anche di essersi arricchito con i fondi pubblici. Il vuoto di potere che ne seguì portò a vent'anni di colpi di stato e contro colpi di stato, fino a quando il capitano Thomas Sankara, un giovane socialista di sinistra, prese il potere.

Sankara riuscì a mantenersi indipendente dalle fazioni, con ottimo intuito cambiò il nome del paese in Burkina Faso (che significa 'paese dell'uomo onesto' o 'paese degli incorruttibili') e varò subito una serie di politiche socialiste radicali. In fretta e furia tutti i bambini furono vaccinati contro il morbillo e la febbre gialla, ogni villaggio rurale ebbe il proprio medico nativo, furono costruite più di 350 scuole, i privilegi e le spese esagerate dei ministri vennero ridotti, si cominciò a costruire una linea ferroviaria per il confine con il Niger, tutto senza fare di Ouagadougou una città marxista. Questa politica nettamente socialista rese Sankara un eroe popolare ma certo non gli portò l'appoggio delle classi alte. Quando poi decise di ridurre del 25% gli stipendi ministeriali anche i capi tribù cominciarono a temere che la loro tradizionale autorità fosse indebolita.

Anche i paesi occidentali non vedevano di buon occhio questa politica e rimproveravano a Sankara l'amicizia con Gheddafi, nonché la sua disinvoltura nel denunciare l'imperialismo occidentale. Inevitabilmente Sankara non durò a lungo: con un gesto da tu quoque Brute il suo principale collaboratore e consigliere, il capitano Blaise Compaoré, organizzò un colpo di stato che terminò con la fucilazione di Sankara poco fuori Ouagadougou. Compaoré (in carica dal 15.10.1987) ristabilì immediatamente lo status quo, aumentò nuovamente gli stipendi ministeriali ai livelli precedenti e tagliò i sussidi alimentari, misure che non fecero altro che enfatizzare un sentimento di malessere nella società burkinabé. I cittadini ricordano con nostalgia Sankara mentre gli Stati Uniti sono seccati per i buoni rapporti del Burkina Faso con la Liberia, accusata di sostenere con il traffico di diamanti la guerriglia che da dieci anni insanguina la vicina Sierra Leone. I burkinabé hanno un atteggiamento estremamente critico nei confronti di Compaoré dall'assassinio del giornalista Norbert Zongo, strenuo difensore dei diritti umani e della libertà di stampa, avvenuto il 13 dicembre 1998. Quattro anni dopo l'omicidio non sono stati ancora ascoltati i testimoni chiave e il governo è apertamente accusato di non voler arrivare alla soluzione, dal momento che uno dei personaggi coinvolti nella vicenda è François Compaoré, il fratello del presidente, e tra gli indiziati vi sono sei membri della guardia presidenziale.

Il governo del Burkina Faso ha riferito, il 7 ottobre 2003, di un colpo di stato sventato. Le indagini hanno portato all'arresto di alcuni militari, del leader dell'opposizione Norbert Tiendrébéogo e al sospetto del coinvolgimento della Costa d'Avorio e del Togo. Il presidente ivoriano ha respinto con sdegno ogni responsabilità e a sua volta ha riaccusato il presidente burkinabé di aver finanziato il colpo di stato che ha sconvolto la Costa d'Avorio nel settembre 2002 e la successiva ribellione nel nord del paese; il ministro della giustizia del Togo ha categoricamente negato qualunque partecipazione al complotto ma ha anche annunciato la formazione di un'apposita commissione d'inchiesta.

Le elezioni presidenziali di fine 2005 hanno confermato il presidente in carica, anche se restano forti i dubbi sulla effettiva democraticità della vita politica nella nazione africana. I rapporti con gli stati confinanti, inoltre, restano difficili, a dispetto delle buone previsioni economiche.