Confinato nel centro dell'Africa meridionale, il Botswana non ha sbocchi sul mare e si estende per oltre 1100 km da nord a sud e per 960 da est a ovest, occupando un territorio di dimensioni simili alla Francia e leggermente più piccolo del Texas. Confina a sud con il Sudafrica, che si estende oltre i fiumi Limpopo e Molopo; a nord-est si trova lo Zimbabwe, mentre la Namibia avvolge i confini occidentale e settentrionale del paese. A Kazungula, nell'estremo nord del Botswana, ben quattro nazioni si incontrano in un punto a metà circa del corso del fiume Zambesi: si tratta di Botswana, appunto, Zimbabwe, Zambia e Namibia. Il paesaggio è pressoché uniformemente piatto: il semidesertico Kalahari copre circa l'85% del paese, comprese le regioni centrali e sud-occidentali. A nord-ovest, invece, il fiume Okavango scorre dalla Namibia e va a perdersi nelle sabbie, creando una rete di canali tortuosi e di isole che si estende per 15.000 kmq e comprende anche il delta dell'Okavango.

Le aride terre del Botswana ospitano oltre settanta specie di serpenti, compresi tre cobra sputatori. Il velenoso boomslang (termine afrikaans che sta per serpente arboricolo) e il serpente delle viti sono molto comuni nell'Okavango, ma solitamente non attaccano l'uomo. Nonostante questa regione dell'Africa meridionale offra un adeguato repertorio di LBJ ('little brown jobs'), qui vivono anche moltissime specie di uccelli coloratissimi ed esotici, tra cui l'elegantissima gru pavonina; il lourie grigio con il suo scontroso richiamo che suona pressappoco come 'vai via'; il fantastico colombo tomboliere dal petto lilla e l'arcigno uccello segretario, che si accanisce sui serpenti con la meticolosità di un segretario che pesti rumorosamente sui tasti della macchina da scrivere. Gli splendidi parchi nazionali e le riserve naturali del Botswana ospitano inoltre un'incredibile varietà di altri animali, come elefanti, ghepardi, licaoni, leopardi, iene, giraffe, ippopotami e zebre.

La maggior parte del territorio del paese è coperto dalla savana - formata da piante di acacia oppure da bassi arbusti spinosi. Le uniche foreste decidue di mopane si trovano nella regione nord-orientale del Botswana, dove si trovano boschi di legname da costruzione e alberi mongonga e marula, le cui noci commestibili costituiscono uno degli alimenti principali per l'etnia San. Il legno tenero del marula è utilizzato nell'artigianato locale, mentre con i suoi frutti si prepara un tipo di birra.

Pur essendo situato a cavallo del Tropico del Capricorno, il Botswana ha temperature che variano notevolmente da un capo all'altro del paese. Le giornate sono normalmente limpide, tiepide e soleggiate, mentre di notte può fare anche molto freddo. Nel Kalahari le temperature notturne sotto lo zero sono del tutto normali a giugno e luglio e, quando c'è sufficiente umidità, gela spesso. Il Botswana è un paese essenzialmente arido, ma ha anche una stagione delle piogge che dura all'incirca da novembre a marzo; dalla fine di maggio ad agosto, invece, le precipitazioni sono scarsissime in tutto il paese.